După victoria cu 2-0 de la București, rapidiștii erau favoriți la calificarea în optimile de finală ale Cupei UEFA în dauna celor de la Hamburg. Returul partidei cu germanii s-a jucat pe 15 martie 2006.

Cei de la Hamburg egalau situația la general după 36 de minute prin Benjamin Lauth și Sergej Barbarez. După pauză, în minutul 51, Mugurel Buga marca golul unei calificări istorice. Germanii aveau să mai înscrie o dată până la ultimul fluier, însă echipa calificată era Rapid! Formația antrenată de Răzvan Lucescu se califica în sferturile de finală ale Cupei UEFA dup ce eliminase Sant Julià (10-0) în primul tur preliminar, Vardar Skopje (4-1)  în turul doi preliminar și Feyenoord Roterdam (1-0) în Play-Off. În faza grupelor a terminat pe primul loc după 3 victorii (2-0 cu Rennes, 1-0 cu Șahtior Donețk și 1-0 cu PAOK) și o înfrângere (2-1 cu Stuttgart). În 16-imi a trecut de o altă echipă germană, Hertha Berlin cu 3-0 la general.