După 8 ani petrecuți la Barcelona, Bernd Schuster se transfera în 1988 tocmai la rivala Real Madrid. Mutarea s-a datorat în special deteriorării relațiilor sale cu oficialii clubului dar și cu coechipierii. În ultima perioadă petrecută la Barcelona, altercațiile de la antrenamente erau la ordinea zilei pentru Schuster.
Conflictul cu Jose Ramon Alexanco din primăvara anului 1988 pare să fi fost decisiv în plecare lui Schuster de la echipă. Ultimul său meci în tricoul blaugrana a fost pe 30 aprilie 1988 chiar împotriva viitoarei sale echipe, Real Madrid, meci câștigat de Barcelona cu 2-0.
Pe 7 iunie 1988, Bernd Schuster semna cu marea rivală, Real Madrid. Germanul s-a impus repede în echipă, ajutându-i pe madrileni să câștige titlul în primul său sezon pe Bernabeu. În sezonul următor, 1989/1990 Real a avut un antrenor nou în persoana galezului John Toshack. Deși Schuster era mijlocaș, Toshack l-a repoziționat în libero. Chiar și așa, germanul s-a descurcat bine, chiar a și marcat de 6 ori. Cu el în teren, Real Madrid câștiga din nou titlul de campioană.
Între timp, Gheorghe Hagi atrăgea atenția marilor echipe. Ruud Gullit se accidentase grav în 1989 iar oficialii echipei AC Milan l-au văzut pe fotbalistul român drept cea mai bună opțiune pentru înlocuirea olandezului. Gulit s-a recuperat însă mult mai repede decât se preconiza și a revenit la echipă astfel că Hagi nu mai reprezenta o prioritate pentru clubul milanez. Hagi impresiona în tricoul Stelei dar și în cel al naționalei iar Real Madrid se arăta interesată de serviciile lui. Madrilenii au avut ocazia să-l vadă în acțiune pe Hagi chiar în meciul de la Cupa Terese Herrera dintre Steaua și Real Madrid din 1989.
În perioada mai – iunie 1990, Real Madrid a efectuat două turnee pe continentul american. Unul în Mexic și altul în California, SUA. Schuster a refuzat inițial să facă deplasarea motivând că nu va pleca în turneu fără familie. Apoi le-ar fi zis oficialilor madrileni că este accidentat și că preferă să evite o eventuală recidivare dar în cele din urmă a plecat cu echipa și a jucat în câteva dintre meciuri. Adevăratul motiv pentru care Schuster nu a vrut să facă deplasare a fost însă răcirea relațiilor cu oficialii madrileni dar și aducerea lui Hagi la echipă. Germanul de 30 de ani nu mai era pe placul conducerii și ar fi urmat să fie rezervă. Pe 7 iunie, Real Madrid anunța că Bernd Schuster nu mai este jucătorul lor. După câteva luni fără angajament, Schuster a semnat cu Atletico Madrid.
