După doar 3 victorii și 5 egaluri obținute în ediția 2005/05 a Diviziei A, FCM Bacău părăsea pentru totdeauna prima scenă a fotbalului românesc. Cu 14 puncte după 30 de meciuri, băcăuanii se clasau pe ultimul loc la finalul campionatului, într-un sezon în care retrogradau două echipe din 16.
| Clasament Divizia A, sezonul 2005/2006 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| # | Echipa | M | V | E | Î | GM | GP | GD | P. |
| 1 | Steaua | 30 | 19 | 7 | 4 | 49 | 16 | +33 | 64 |
| 2 | Rapid | 30 | 17 | 8 | 5 | 47 | 23 | +24 | 59 |
| 3 | Dinamo | 30 | 17 | 5 | 8 | 56 | 32 | +24 | 56 |
| 4 | Sportul Studențesc | 30 | 17 | 5 | 8 | 54 | 35 | +19 | 55 |
| 5 | CFR Cluj | 30 | 14 | 8 | 8 | 36 | 27 | +9 | 50 |
| 6 | FC Național | 30 | 13 | 7 | 10 | 32 | 37 | −5 | 46 |
| 7 | Farul Constanța | 30 | 14 | 3 | 13 | 39 | 38 | +1 | 45 |
| 8 | Poli Timișoara | 30 | 10 | 10 | 10 | 34 | 31 | +3 | 40 |
| 9 | Oțelul Galați | 30 | 10 | 9 | 11 | 35 | 37 | −2 | 39 |
| 10 | Gloria Bistrița | 30 | 11 | 6 | 13 | 27 | 34 | −7 | 39 |
| 11 | Poli Iași | 30 | 11 | 6 | 13 | 28 | 31 | −3 | 39 |
| 12 | FC Argeș | 30 | 8 | 8 | 14 | 27 | 37 | −10 | 32 |
| 13 | Jiul Petroșani | 30 | 7 | 9 | 14 | 28 | 39 | −11 | 30 |
| 14 | FC Vaslui | 30 | 6 | 11 | 13 | 23 | 37 | −14 | 29 |
| 15 | Pandurii Târgu Jiu | 30 | 6 | 7 | 17 | 22 | 44 | −22 | 25 |
| 16 | FCM Bacău | 30 | 3 | 5 | 22 | 16 | 55 | −39 | 14 |
| Au retrogradat Sportul Studențesc (nu a primit licență) și FCM Bacău. Din sezonul următor s-a trecut la un sistem cu 18 echipe. |
|||||||||
Înainte de a dispărea pentru totdeauna din fotbalul românesc, băcăuanii au oscilat între ligiile 2 și 3. În sezonul 2006/2007, FCM Bacău a terminat acea ediție a Ligii a 2-a pe locul 5 cu 52 de puncte, 17 victorii, 9 egaluri și 8 înfrângeri. În sezonul următor, echipa s-a bătut pentru evitarea retrogradării cu Inter Gaz București, CSM Focșani, Dunărea Galați și FCM Câmpina. A urmat apoi sezonul 2008/2009 în care a ocupat un onorabil loc 6 din 18 echipe după un tur dezastruos dar un retur de excepție. În sezonul 2009/2010, echipa a fost preluată de Consiliul Local dar după ce nu s-a prezentat la două meciuri din motive financiare, a fost retrogradață în Liga a 3-a.
În liga a 3-a, echipa a revenit sub conducerea lui Dumitru Sechelariu, iar Consiliului Local a fondat o altă echipă, SCM Bacău, cele două bătându-se la promovare. Echipa care a obținut promovarea în liga secundă la sfârșitul sezonului 2010/2011 a fost însă SCM. În sezonul 2011/2012 băcăuanii au terminat pe locul 7 în Liga a 2-a iar după un sezon retrogradau iar în al 3-lea eșalon fotbalistic. Acolo n-a mai apucat să joace, formația fiind retrasă din campionat din lipsă de fonduri și ulterior desființată.
Cel mai mult de suferit, pare să aibă Stadionul Municipal din Bacău care a ajuns într-o stare avansată de degradare.
