Emil Săndoi s-a născut pe 1 martie 1965 la Craiova. A jucat la nivelul primei ligi în România pentru Universitatea Craiova și FC Argeș. Cariera sa a început promițător pe 17 septembrie 1983, când a debutat sub culorile alb-albastre ale Craiovei, în meciul cu FC Argeș, câștigat cu 3-0. În acea partidă, antrenorul Constantin Oțet l-a introdus pe teren în locul lui Sorin Cîrțu.
Săndoi a fost un jucător de bază pentru Universitatea Craiova până în sezonul 1994/1995, cu excepția campionatului 1993/1994, când o accidentare gravă l-a ținut departe de teren. În vara lui 1995, a semnat un contract cu clubul francez din liga a doua, SCO Angers, dar cariera sa de fotbalist s-a încheiat în 1999, tot la Universitatea Craiova.
De-a lungul carierei sale, Emil Săndoi a fost foarte aproape de a face pasul către fotbalul internațional, fiind curtat de mai multe echipe din străinătate. Un moment de cotitură l-a reprezentat finala Cupei României din 1993, când a suferit o dublă fractură de tibie și peroneu în urma unei ciocniri cu fundașul Petrache de la Dacia Unirea Brăila.
Acea accidentare l-a scos din circuit pentru aproape un an și a anulat o mutare iminentă la echipa franceză Rennes, care pregătise deja toate detaliile contractuale. În mod simbolic, cu o zi înainte de finală, Săndoi a găsit o gheară de găină în fața camerei sale de hotel, pe care a lovit-o cu piciorul drept. După accidentare, Săndoi a văzut în acel gest un semn prevestitor.
„A fost un semn rău! Trebuia să fi îndepărtat gheara cu altceva, nu cu piciorul meu drept, care a doua zi avea să fie frânt!” – Emil Săndoi.
Însă nu doar Rennes a fost interesată de talentul său. Săndoi a avut discuții și cu echipe precum Olympique Lyon și Aston Villa. Cea mai avantajoasă ofertă financiară a venit din partea lui Lyon, în vara anului 1991, după ce Universitatea Craiova a câștigat eventul (campionatul și Cupa României). Francezii i-au oferit 200.000 de dolari la semnătură și un salariu lunar de 10.000 de dolari, o sumă impresionantă la acea vreme. Cu toate acestea, Săndoi a refuzat oferta, alegând să rămână la Craiova, legat de echipă și de familie.
„Aveam 26 de ani, nu plecasem niciodată din Craiova, mă simțeam foarte bine la Universitatea, eram legat de familie… N-am avut curajul să plec, să iau totul de la zero, mai ales printre străini”, a explicat el. Decizia de a rămâne la Craiova a fost una pe care a regretat-o ulterior, înțelegând mai târziu că o mutare la Lyon ar fi putut să-i schimbe radical cariera.
